Nato in Moravia, studia violino e direzione d’orchestra all’Accademia di musica di Praga con Jiri Belohlavec e successivamente alla Scuola superiore reale di musica di Stoccolma, nella classe del leggendario maestro Jorma Panula. È finalista al Concorso della primavera di Praga 2000 nonché al 10° Concorso della televisione ungherese 2002, anno in cui risulta anche vincitore del Concorso internazionale "Sir Georg Solti", affermazione che gli apre le porte di una eccezionale carriera. Per scelta di David Zinman, nell’estate 2004 Tomaš Netopil incontra per la prima volta l’Orchestra di Cleveland al Festival di Aspen, dove ritorna nel 2005 in veste di primo assistente o direttore per tutti i concerti in programma.
Nella stagione 2004-05 ha diretto alla Tonhalle di Zurigo la Filarmonica della Scala, Così fan tutte a Genova, all’Accademia Santa Cecilia, al Regio di Parma, al Comunale di Bologna, al Lirico di Cagliari, al Regio di Torino, alla Fenice e l’Orchestra della radio al Gewandhaus di Lipsia. Nell’ambito della "Primavera di Praga" 2004 debutta nella prestigiosa città ceca, successivamente alla guida dei complessi della Filarmonica slovacca di Bratislava dirige tre emozionanti e toccanti esecuzioni dello Stabat Mater di Dvor.ák a Salisburgo e Innsbruck; cura la produzione della Volpe astuta al Teatro de la Maestranza di Siviglia; tiene concerti con la Staaskapelle di Weimar, la Filarmonica „Janác.ek", l‘Orchestra sinfonica di Hof, l’Orchestra sinfonica di Praga, l’Orchestra e il Coro da camera di Praga, la Filarmonica Nazionale del Reno-Palatinato, la Filarmonica "Martinu" di Zlin, la Filarmonica Morava.
La stagione 2005/06 ha segnato il debutto alla testa di orchestre di nome quali la London Philharmonic Orchestra, la Filarmonica di Oslo, l’Orchestra nazionale di Stoccarda. Ha diretto inoltre in Italia quattro prestigiose produzioni liriche: Nozze di Figaro al Carlo Felice di Genova, l’inaugurazione della stagione del San Carlo di Napoli con il nuovo allestimento di Fidelio, al Regio di Torino il nuovo allestimento di Ratto dal serraglio e alla Fenice di Venezia Lucio Silla. Ulteriori appuntamenti di prestigio sono stati concerti con l’Orchestra della Tonhalle di Zurigo, la Staatskapelle di Weimar, le orchestre del Carlo Felice (ciclo Mozart in tre serate), del Regio di Parma (Ma Vlast), del Teatro del Maggio Musicale Fiorentino, con il pianista Aldo Ciccolini, del San Carlo di Napoli per la Messa in mi bem.magg. di Schubert.
L’estate 2006 vede il suo debutto al Festival di Salisburgo con la direzione musicale della produzione veneziana di Lucio Silla per la regia di Jürgen Flimm, nonché il concerto conclusivo del Festival estate musicale sassone collocato come concerto d’apertura delle Feste musicali di Weimar. Nella stagione 2006-07 Tomaš Netopil debutta all’Opera di Berlino con Carmina Burana in edizione scenica, nonché con orchestre di grande prestigio internazionale, quali la Staatskapelle di Dresda, la Filarmonica Reale di Stoccolma, le orchestre nazionali di Lille e Montpellier e a fi ne stagione l’Orchestra sinfonica NHK di Tokyo. Il pubblico di Trieste potrà goderne due volte: in concerti nella stagione sinfonica e nel cartellone della stagione lirica con Don Giovanni di Mozart. Tornerà a Firenze (per la terza volta nel 2006) e a Bologna nell’ambito delle rispettive stagioni sinfoniche.